Il pavimento non è omogeneo presentando una varietà di interventi.

C'è una zona a mosaico a tasselli irregolari che viene a trovarsi dopo qualche metro all'ingresso e si spande nelle navate laterali con frammenti vicino alla porta della cappella del Santissimo e dietro l'altare principale a destra e che, quasi, circonda altre zone coperte da lastre di armo irregolari di varie epoche o dal mosaico a tasselli regolari; davanti alle absidi laterali ci sono vasti tratti di cosmatesco (F. 21), sistemato qui alla fine del secolo scorso, prove-niente alla chiesa di S. Benedetto in Capua.

Interessante la raffigurazione degli alberi del bene e del male (F. 22) (della chiesa e della sinagoga) posta davanti all'abside di sinistra, come anche una pietra circolare davanti alla porta della sagrestia con disegno a losanghe in mosaico. Vaste aree sono state sistemate con malta cementizia e brecciame nel 1992.